Fakultas Kedokteran Universitas Brawijaya (FKUB) memiliki empat departemen utama yang menaungi berbagai program pendidikan di bidang kesehatan. Setiap departemen memiliki pedoman pendidikan yang disusun untuk menjamin mutu proses pembelajaran, penelitian, dan pengabdian masyarakat sesuai dengan standar akademik dan profesional. Berikut empat departemen yang berada di lingkungan FKUB:

1. Departemen Kedokteran

2. Departemen Kebidanan

3. Departemen Farmasi

4. Departemen Kedokteran Spesialis dan Subspesialis